23 Juni 1596, Abdul Mufakir dilantik menjadi Sultan Banten pada usia 14 tahun.

Pic; Ilustrasi Pertempuran VOC dan Kesultanan Banten 1600 an .
Pasca mangkatnya Maulana Muhammad, Banten mengalami masa deklinasi ketika konflik dan perang saudara mewarnai keluarga kerajaan khususnya selama masa perwalian Abul Mufakhir Mahmud Abdul Kadir yang baru berusia lima bulan ketika ayahandanya wafat. Puncak perang saudara bermuara pada peristiwa Pailir, dan setelahnya Banten mulai kembali menata diri. Dengan berakhirnya masa perwalian Sultan Muda pada bulan Januari 1624, maka Sultan Abdul Mufakir Mahmud Abdul Kadir diangkat sebagai Sultan Banten tanggal 23 juni 1596.
Sultan yang baru ini dikenal sebagai orang yang arif bijaksana dan banyak memperhatikan kepentingan rakyatnya. Bidang pertanian, pelayaran, dan kesehatan rakyat mendapat perhatian utama dari Sultan Banten ini. Ia berhasil menjalin hubungan diplomatik dengan negara-negara lain, terutama dengan negara-negara Islam. Dialah penguasa Banten pertama yang mendapat gelar Sultan dari penguasa Arab di Mekah (1636). Sultan Abdul Mufakhir bersikap tegas terhadap siapa pun yang mau memaksakan kehendaknya kepada Banten. Misalnya ia menolak mentah mentah kemauan VOC yang hendak memaksakan monopoli perdagangan di Banten.

Dan akibat kebijakannya ini praktis masa pemerintahannya diwarnai oleh ketegangan hingga blokade perdagangan oleh VOC terhadap Banten.
Konflik antara Banten dengan Belanda semakin tajam ketika VOC memperoleh tempat kedudukan di Batavia . Persaingan dagang dengan Banten tak pernah berkesudahan. VOC mengadakan siasat blokade terhadap pelabuhan niaga Banten, melarang dan mencegah jung-jung dari Cina dan perahu-perahu dari Maluku yang akan berdagang ke pelabuhan Banten yang membuat pelabuhan Banten hampir lumpuh.
Perlawanan sengit orang Banten terhadap VOC pecah pada bulan November 1633 dengan mengadakan “gerilya” di laut sebagai “perompak” dan di daratan sebagai “perampok” sehingga memprovokasi VOC untuk melakukan ekspedisi ke Tanam, Anyer, dan Lampung.
Kota Banten sendiri berkali-kali diblokade. Situasi perang terus berlangsung selama enam tahun, dan ketegangan masih terus terjadi hingga wafatnya Sultan Abul Mufakhir pada tahun 1651 dan digantikan oleh Pangeran Adipati Anom Pangeran Surya, putra Abu al-Ma’ali Ahmad atau Pangeran Ratu Ing Banten atau Sultan Abu Fath Abdul Fattah atau yang lebih dikenal dengan Sultan Ageng Tirtayasa (1651-1672).
Sultan Ageng Tirtayasa yang ahli strategi perang berhasil membina mental para prajurit Banten dengan cara mendatangkan guru-guru agama dari Arab, Aceh, Makassar, dan daerah lainnya. Perhatiannya yang besar pada perkembangan pendidikan agama Islam juga mendorong pesatnya kemajuan Agama Islam selama pemerintahannya di sana saat itu.